Местное лечение подразумевает нанесение лекарств - обычно антисептических средств - на небольшие участки на теле или плавниках рыбы. Оно часто применяется для лечения локализованных бактериальных и грибковых инфекций или как профилактическое средство для предотвращения подобных инфекций в местах повреждения кожного покрова. Эта процедура выполняется вне воды (см. выше раздел Как обращаться с рыбами ). Лекарство наносят на пораженное место с помощью тонкой мягкой кисти или ватного тампона на стержне. После этого рыбу нужно как можно скорее вернуть в воду.

Преимущество местного лечения заключается в том, что действию лекарства подвергаются только пораженные участки тела рыбы. Кроме того, такое лечение позволяет применять химические лекарственные средства в таких концентрациях, в которых они нанесли бы вред в случае контакта с жабрами рыбы (как происходит, когда лекарства применяются в виде ванны). Процедура местного лечения вызывает у рыбы более сильный стресс, чем лечение в общем аквариуме, но если выполнять ее быстро и осторожно, рыбу можно в короткий срок вернуть в знакомое окружение. Это почти наверняка не вызовет у рыбы такого сильного стресса, как двукратное перемещение из одного аквариума в другой и смена окружения, неизбежные при лечении в отдельном аквариуме. Кроме того, этот метод позволяет избежать проблем, связанных с возвращением рыбы после некоторого отсутствия в общественную иерархию, сложившуюся в общем аквариуме, а значит, он особенно полезен для территориальных рыб (например, цихлид).